Przy prowadzeniu działalności gospodarczej nie rzadko zdarza się, że podatnik ponosi sporo kosztów. Sytuacja taka wiązać się może z nadwyżką VATu naliczonego (z faktur kosztowych) nad należnym (z faktur przychodowych). Powstała w wyniku tego różnica może zostać przeniesiona na kolejny okres obrachunkowy lub zwrócona na konto podatnika.
Zwrot VATu ma trzy terminy:
–podstawowy termin 60 dni od dnia złożenia pliku JPK_V7.
Przy tym terminie zwrotu nie ma znaczenia rodzaj dokonywanych zakupów (towary handlowe czy środki trwałe), ani też stawka podatkowa sprzedawanych towarów i usług. Aby jednak skorzystać z tego terminu podatnik w pliku JPK_V7 musi wykazać co najmniej opodatkowaną sprzedaż krajową towarów lub usług albo dostawę towarów lub świadczenie poza granicami kraju. Zgodnie z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, przy podstawowym okresie zwrotu 60 dni organ podatkowy ma prawo przedłużyć termin zwrotu przy prowadzeniu czynności sprawdzających. Przedłużenie terminu zwrotu zawsze jest w formie postanowienia.
–przedłużony termin 180 dni od dnia złożenia JPK_V7.
Przedłużony termin występuje w przypadku, gdy podatnik za dany okres rozliczeniowy nie wykazał żadnej sprzedaży, a jedynie zakupy.
–skrócony termin 25 dni od dnia złożenia JPK_V7.
Prawo do starania się o zwrot na własny rachunek bankowy w tym terminie, podatnik ma jeśli spełni warunki wskazane w art. 87 ust. 6 ustawy o VAT -tj. między innymi podatnik wnioskujący o zwrot przedłoży w US potwierdzenia zapłat faktur zakupu, oraz podatnik przed złożeniem wniosku o zwrot był czynnym podatnikiem VAT przez minimum 12 miesięcy. Dodatkowo składał wszystkie deklaracje VAT. Termin ten obowiązuje również dla zwrotu podatku VAT na rachunek VAT. W przypadku takiego zwrotu nie trzeba spełniać warunków wskazanych w ww. artykule. Zwrot na rachunek VAT wiąże się także z brakiem możliwości przedłużenia terminu zwrotu przez naczelnika urzędu skarbowego.